Pobór opłat odbywa się w systemie zamkniętym, tzn. opłaty są pobierane na końcu podróży w tzw. miejscach poboru opłat.

Stacje poboru opłat (SPO), za wyjątkiem zlokalizowanego w pasie autostrady głównego placu poboru opłat (PPO), zainstalowane zostały na drogach dojazdowych (tzw. łącznicach) węzłów autostradowych. Docelowo na 90-kilometrowym odcinku autostrady A1 funkcjonować będzie siedem miejsc poboru opłat (ich przybliżone lokalizacje wzdłuż trasy Autostrady zaznaczono na poniższej ilustracji). Sześć z nich: PPO Rusocin, SPO Stanisławie, SPO Swarożyn, SPO Pelplin, SPO Kopytkowo i SPO Nowe Marzy wchodzi w zakres prac w ramach Etapu 1, dodatkowa stacja: SPO Warlubie będzie wybudowana w terminie późniejszym.

Przy wjeździe na autostradę każdy kierowca powinien pobrać bilet upoważniający do jednorazowego przejazdu na trasie Rusocin - Swrożyn. Bilet bezwzględnie należy zachować do kontroli w punkcie opłat, gdyż na jego podstawie zostanie naliczona opłata za przejazd. Wysokość opłat za przejazd zależy od kategorii pojazdu oraz długości przejechanego odcinka. W razie braku ważnego biletu wjazdowego kierowca jest zobowiązany do uiszczenia maksymalnej opłaty zgodnie z obowiązującą tabelą opłat dla danej kategorii pojazdu i danego miejsca poboru.